中央《关于完善产权保护制度依法保护产权的意见》（中央〔2016〕28号）规定“完善农村集体产权确权和保护制度，切实防止集体经济组织内部少数人侵占、非法处置集体资产，防止外部资本侵吞，非法控制集体资产”。其关键在于建立农村集体财产权益保护机制，重点做好以下四点。
一是规范股权设置。按照中央《意见》，农村集体产权制度改革只设置集体股和成员股。集体股设置与否由成员集体民主决定。成员股以集体经济组织成员权为前提设置，主要体现集体所有制下成员权利平等，兼顾集体资产形成中个人劳动贡献和计划生育等因素，平衡不同群众合法利益。可设置个人股、劳龄股、贡献股、计生补偿股、贫困优先股等股权。需要注意的是，改革后农村集体经济组织建立的股份合作制，不同于工商企业股份制。在决策机制上，实行一人一票，体现民主决策、民主管理的特点；在利益分配上，秉承公平公正的原则，主要体现社会主义公有制劳动联合的特点；在经营机制上，体现股份制经营灵活的特点。
二是严格区分权益股和发展股。一些地区同步推进农村集体产权制度与“三变”改革，出现了权益股和发展股混合设立的问题，形成一些改革隐患，必须要严格区分，及时规范，防止相互侵犯权益。所谓集体资产权益股，是依据农村集体产权制度改革政策，农民依法获得的集体资产股权，是农民参与集体收益分配的依据，具有封闭性和社区性特点。所谓集体经济发展股，是指集体、个人、企业以自有资产、资源、资金、技术等参与投资经济项目所获得的股权，是参股主体参与经营分红的依据。集体经济组织凭入股资本多少在“三变”改革项目中分红，所获分红在集体内部按照集体收益分配办法和成员持股进行分配。参与“三变”改革经济项目的企业和个人不得依据经济投资在集体经济组织内部分享股份。
三是慎重设置资金股。集体经济组织立足发展需要可以在成员股名下设置资金股。按照农村集体产权制度改革封闭性要求，资金股设置要以尊重农民意愿为前提，严格执行“全员参与、人人平等、封闭运营”的原则。集体经济组织内部成员不得多占股权，集体经济组织外部单位个人不得在集体内部参股。同时，为避免资金股挤占其他股权收益，资金股要按照资金实际收益进行分红。集体经济组织募集资金股要避免增加农民负担，所募集资金投资要稳妥谨慎，注意风险防控。
四是保护好少数人权益。农村集体经济组织成员权是农民享有集体财产权益的前提。由于各地农村集体成员形成历史复杂、构成类别较多、地区差异性大，中央没有明确集体成员界定政策。陕西地区参考省高院《关于审理农村集体经济组织收益分配纠纷案件讨论会纪要》，明确集体经济组织九种人具有成员资格和五种人丧失成员资格，对嫁城女等七类人集体收益分配权利作出规定。处理少数人成员权益问题，要严格按照“有法依法、无法依规、无规依民”的优先序进行处理，对确无法律政策依据的，提交村民（代表）大会民主决议，民主决策要秉承民意，宜宽则宽，应确尽确，避免伤害少数人利益。
